自嵯峨天皇之后，太上天皇不再具有與天皇等同的政治權力，僅享受作為皇族家長的尊榮。宇多天皇在讓位之前，任命藤原基經之子藤原時平為大納言，同時提拔菅原道真為權大納言，并在退位詔書中命藤原時平和菅原道真擔負起等同于關白職務的“內覽”，確立了“時平、道真二頭體制”，其意圖一是想以此來掌控醍醐天皇，二是為了削弱外戚藤原氏的勢力。但是，此后發生的兩件事，使宇多天皇的構想難以實現，即藤原穩子入醍醐天皇后宮成為女御與“昌泰之變”。

醍醐天皇與藤原基經、藤原時平父子原本并不存在外戚關系。宇多天皇在讓位前，同桓武天皇一樣，希望通過同族婚姻來純化皇室血統，將自己的同母妹為子內親王嫁給醍醐天皇，并一直試圖防止藤原氏成為外戚。醍醐天皇也在即位后立為子內親王為正妃。上一位成為皇后的內親王還是淳和天皇的皇后正子內親王。但是，昌泰二年（899）三月，為子內親王被立為正妃兩年后去世，只生有一女勸子內親王，未能生子。此后宇多上皇與醍醐天皇父子之間圍繞藤原時平的同母妹藤原穩子是否入宮的問題產生了爭論。最終，醍醐天皇在藤原時平的協助下，成功將藤原穩子納為女御。宇多上皇和為子內親王的母親班子女王對藤原穩子入宮十分憤怒，認為為子內親王就是死于藤原穩子的詛咒。從此，醍醐天皇要求自立的傾向越來越明顯，宇多上皇與醍醐天皇從父子一體的關系變為父子對立的關系。

菅原道真小名阿呼，出身于歷代都是作為學者型和實務型官僚立身出仕的菅原氏族（原為土師氏），為參議菅原是善第三子。菅原道真與橘廣相一樣都是平安時代前期的著名學者和詩人，他在11歲時便寫出了著名的詩句：“月耀如晴雪，梅花似照星，可憐金鏡轉，庭上玉房馨?！保ā遁鸭椅牟荨罚┫鄬τ谔僭线@樣的世代名門，菅原家屬于“寒門”。菅原道真的父親菅原是善做到參議刑部卿，已經是菅原家最顯赫的職務?！鞍⒑饧姞帯笔录?，才華橫溢的菅原道真替代橘廣相，得到宇多天皇的賞識和重用，歷任式部少輔、藏人頭、式部大輔、左大弁、勘解由使長官、遣唐大使等職，致力于革新政治。寬平七年（895），頗有政績的菅原道真升任中納言兼春宮權大夫。歷來擔任納言和春宮職的都是名門權貴的子弟，菅原道真擔任中納言已經是超越了他的門第。

醍醐天皇即位后，菅原道真在宇多上皇的愛護下繼續高升。寬平九年（897），菅原道真任權大納言，兼右近衛大將。昌泰二年（899）二月，菅原道真升任右大臣，在他之上的僅有左大臣藤原時平一人，超過了醍醐天皇的外祖父藤原高藤和仁明天皇的皇子源光等人。此外，菅原道真還將自己的女兒嫁給了宇多天皇與橘義子之子齊世親王。橘義子與齊世親王不久后生下宇多天皇的長孫英明王（源英明）。與此同時，連一些文人也開始嫉妒菅原道真所獲得的榮寵，暗暗期待菅原道真失勢。這樣，對菅原道真掌權感到威脅的藤原氏與源氏、對菅原道真的政治改革感到不安的中下層貴族以及對菅原道真破格晉升越來越反感的學者們，都與菅原道真產生了對立的情緒。尤其是源氏，將此前對藤原氏的不滿，全部轉移到菅原氏的身上。在為子內親王去世不久后的昌泰二年（899）十月，宇多上皇遁入佛門。宇多上皇原本大有要施行院政以獲取與天皇同等權力的趨勢，此時突然放棄了權力，菅原道真瞬間失去了強有力的后盾。

就在此時，文章博士三善清行大概已經預感到菅原道真的危險處境，于是寫文章勸諫道：“伏惟尊閣挺身自翰林，超升槐位，朝之寵榮，道之光華，吉備（真備）公外，無復與美。伏冀知其止足，察其榮分。擅風情于煙霞，藏山智于丘壑。后生仰視，不亦美乎?！钡言勒鏇]有接受三善清行的建議，沒有像同樣出身寒門卻升至右大臣的吉備真備一樣急流勇退。

昌泰（901）四年正月，菅原道真的反對者藤原時平、源光、藤原菅根、藤原清貫等人相互勾結，誣告他意圖瞞著宇多法皇、廢黜醍醐天皇、幫助自己的女婿齊世親王篡奪皇位。宇多法皇聞訊后親自趕去找醍醐天皇，意圖挽回此事，但被擔任守衛的藏人頭藤原菅根（曾受過菅原道真的羞辱）阻攔，在宮門外等了一夜竟然都無法與醍醐天皇見面，只好黯然離去，從此不再過問政事?！磅旎时緛砼c父親宇多上皇一樣信任并重用菅原道真，但是他對宇多上皇通過菅原道真干預政治抱有戒心。當被暗示有人密謀威脅比什么都重要的皇位時，醍醐天皇為了斬草除根，也就只有下決心拋棄菅原道真?！弊罱K，菅原道真被罷免右大臣一職，貶為大宰府權帥，流放至九州大宰府，政治生涯就此結束；他的四個兒子，菅原高視、菅原景行、菅原兼茂、菅原淳茂皆被處以流刑；他的女婿齊世親王則入仁和寺出家為僧，改名真寂；他年幼的子女隨其一同前往大宰府；他已經嫁人的女兒則留在京城。以上是為“昌泰之變”。

以上兩件事對日本此后的歷史產生了重要的影響。藤原穩子入宮的影響是長遠的，她作為此后兩代天皇（朱雀天皇和村上天皇）的母親，延續了藤原氏的皇室血脈，為藤原氏實行外戚攝關政治奠定了基礎?！安┲儭钡挠绊憚t是非常直接的，它不僅使菅原道真被貶官，而且使文人的政治力量漸漸衰落下去，與此同時，也使宇多上皇企圖擺脫藤原氏的構想徹底地失敗，醍醐天皇則重新實現皇權一元化，開始“親政”。

“昌泰之變”完全是一樁冤案。菅原道真被貶后，醍醐天皇改元延喜。藤原時平的妹妹藤原穩子則成為醍醐天皇的女御，并生下崇象親王（后改名保明）。延喜三年（903）二月，重蹈橘廣相覆轍的菅原道真在郁悶與不甘中去世（59歲）。延喜四年（904）二月，崇象親王被立為皇太子。

菅原道真蒙冤屈去世后，有一些人對其蒙冤被貶的遭遇和郁郁而終的結局深感同情和悲嘆，紛紛議論將來必有災禍降臨。果不其然，菅原道真的冤魂此后席卷整個朝廷，成為繼早良親王之后的又一著名怨靈。首先是誣陷他的藤原菅根于延喜八年（908）十月在雷雨大作中去世。接著，被視為事件主謀、正值盛年的左大臣藤原時平也于延喜九年（909）四月去世（39歲）。此外，旱魃、狂風、暴雨、冰雹等災變接連發生。民間傳說這些災異都是菅原道真的怨靈在作祟，醍醐天皇對此則是半信半疑。

延喜十三年（913）三月，另一位誣陷菅原道真并接替他成為右大臣的源光離奇死去，最后連尸骸都找不到。延長元年（923）三月二十一日，藤原時平的妹妹藤原穩子所生、娶了藤原時平女兒藤原仁善子的皇太子保明親王英年早逝（21歲）。在這一背景下，醍醐天皇對菅原道真的“靈威”也深信不疑。為平息各種不祥事件，醍醐天皇于當年四月二十日為菅原道真恢復了名譽和官職，贈其為正二位。與此同時，醍醐天皇先后于四月二十六日和二十九日分別立藤原穩子為皇后、保明親王與藤原仁善子之子慶賴王為皇太子。

然而，醍醐天皇的舉措還是沒能讓菅原道真停下復仇的腳步，接下來依舊“疾疫不止”。延長三年（925）六月，年僅5歲的皇太子（皇太孫）慶賴王也因病夭折。延長八年（930）六月二十六日，京都發生的一起雷擊宮殿事件，成為壓垮醍醐天皇的最后一根稻草。根據《日本紀略》記載，醍醐天皇當日將大臣們召集到清涼殿，商議祈雨之事，“午三刻，從愛宕山上，黑云起，急有陰澤。俄而雷聲大鳴，墮清涼殿坤第一柱上。有霹靂神火?！痹撌录е聦m殿中貴族死傷慘重，其中誣陷菅原道真的藤原清貫被當場燒死。近在眼前的雷擊事件導致醍醐天皇一病不起，并在三個月后去世。

天歷元年（947）六月，民間在京都北野建祭祀菅原道真的神社，這便是“北野天神”的起源。正歷年間由于疫病橫行，一條天皇擔心又是菅原道真的怨靈作祟導致，于是于正歷四年（993）六月追封菅原道真為正一位左大臣。但接著宮殿慘遭無名大火重創，于是一條天皇于潤十月追封菅原道真為太政大臣。隨著時代的變遷，菅原道真從被流放者的怨靈逐漸升格為法力無邊的天神，其神力涉及鎮護、雪冤、孝道、學問等諸多方面。到了現代，菅原道真作為學問之神和考試之神得到人們的廣泛信仰，全日本各地有一萬多座天滿宮的分社，每年到了考試時期，各地天滿神社的參拜者絡繹不絕，虔誠祈禱菅原道真的在天之靈保佑自己考試合格。

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