與白河院政時期不同，鳥羽上皇無意抑制莊園擴大，各地武將、豪族、有實力之人乃至國守等，在全國建立了許多新的莊園，并發生了許多糾紛?！氨Ｔ畞y”平定后，后白河天皇為了鞏固皇權，恢復朝廷權威，于保元元年（1156）閏九月頒布《保元新制》?！侗Ｔ轮啤沸麚P了全國土地都歸天皇支配的王土思想，其主要內容為嚴厲整頓莊園，其主要目的是要將莊園、公領全都掌握在皇室手中。為了籌劃和運作新政，后白河天皇將親信信西當作經世之才，對他寄予厚望，賦予他很大的權力。

信西是其于天養元年（1144）出家后取的名字，原名為藤原通憲，是藤原南家的末裔。信西的父親藤原實兼在擔任藏人一職時猝死，之后他成為親戚高階經敏的養子，改姓高階。信西的正妻為高階重仲之女，之后又娶了藤原朝子，即后白河天皇的乳母紀伊局，這為他后來成為后白河天皇的寵臣奠定了基礎。信西曾擔任鳥羽上皇的院司（判官代），但在當上少納言后便放棄了宮廷中的晉升，在出家后取法名為信西。信西博學多才，精明強干，曾受鳥羽上皇之命，編纂以接續六國史為目的的史書《本朝世紀》，并編纂了收錄各項法令及歷代明法家們見解和經典判例的《法曹類林》，是當時著名的學者。

信西在后白河天皇的支持下，不斷推出各種新的舉措，以期“重建以莊園公領制為基礎的禮儀國家”。他仿照后三條天皇設置記錄所，作為實施莊園整理令的機關，積極推進全國莊園的整頓。記錄所的長官由大納言藤原公教擔任，下設弁官負責實務，其中右中弁為藤原惟人，左少弁為源雅賴，右少弁為信西的嫡子藤原俊憲。記錄所下還設有寄人21名，負責處理莊園上的問題。

同時，手握大權的信西還向五畿七道征稅，用于重建大內、重興御宴等，以期通過復興禮儀來恢復宮廷貴族社會秩序。保元二年（1157）十月，大內建成，后白河天皇移駕新宮，發布三十五條新制，包括重整身份等級的奢靡禁止令、下級官員公務厲行令、京城秩序確定令等。保元三年（1158）正月，后白河天皇在皇宮內舉辦了場面盛大的御宴。從長元七年（1034）開始，宮廷御宴已經中斷了120多年。此外，后白河天皇還在新宮舉辦了中斷30多年的相撲節。

為了推進國政改革，信西需要武士的支持?！氨Ｔ畞y”后，源義朝與平清盛分別成為源氏與平氏的首領。源義朝一心想要依附信西，提出將自己的女兒嫁給信西之子藤原是憲。但信西見源義朝不受后白河天皇待見，不愿與其結為姻親。然而，不久后信西之子藤原成范便娶了受到后白河上皇重用的平清盛之女，與平清盛結成親家。這樣一來，信西就招致了源義朝的怨恨。

保元三年（1158）八月，后白河天皇退位，其子守仁親王踐祚，是為二條天皇（16歲）。二條天皇即位后，藤原忠通辭去關白一職，由其子藤原基實（后來的近衛基實）接替。當時藤原基實只有16歲，由此日本誕生了第一位少年關白。由此也可以看出，院政時期的關白已經是徒有虛名。

“在此之前，王權內部的對立通常都是兄弟之間的問題。但是，由于鳥羽天皇之后皇位繼承的特殊情況，后白河和二條父子之間出現了尖銳對立的萌芽?！鼻拔囊咽黾?，后白河天皇只是皇太子守仁親王即位前的一個過渡。但此時后白河上皇已經擺脫了“過渡性天皇”的地位，他仿照白河上皇與鳥羽上皇的做法，以太上天皇的身份親理政務，朝中大事依舊由信西主持。但是，二條天皇頗有英明之譽，不唯后白河上皇之命是從，政局再次發生變化。

二條天皇的支持者是其養母藤原得子以及與她關系密切的藤原經宗和藤原惟方等貴族。與之相對，支持后白河上皇的貴族首領是其乳母的丈夫信西。藤原信賴、藤原成親等人雖然侍奉在白河上皇身邊，卻因人脈關系與藤原得子和二條天皇更為親近。藤原信賴在希望晉升近衛大將一職時，信西將其比作安祿山，認為“敘位、除目，國家大典。選非其人，則上違天心，下乖人情”?！叭粜刨嚾沃?，恐致驕奢，自取禍敗?！碧僭刨囍来耸潞?，對信西一直心懷怨恨，想要伺機報復。

在這種形勢下，藤原信賴便拉攏源義朝，意圖排擠信西和平清盛。同樣是“保元之亂”中的功臣，平清盛被加官至三位，位列公卿，聲名顯赫。其子平重盛，其弟平賴盛等，也都位列朝堂。與此相對，源義朝得到的恩裳比平清盛少，一直屈居五位，對此頗為不滿。于是，藤原信賴與源義朝因共同的仇恨一拍即合。

信西在改革過程中，是有理想有決心的，但不可否認的是，其親信都一同沾了光。其中藤原俊憲擔任大弁，藤原貞憲擔任右中弁，藤原成憲（后改名藤原成范）、藤原修憲分別受領遠江、美濃。此外，信西一方面讓自己的兒子在后白河上皇的身旁擔任要職，另一方面又把自己的兒子送到二條天皇的身邊，成為二條天皇近臣。此舉同時引起了后白河上皇和二條天皇身邊近臣的反感，導致兩方都出現了反信西的勢力。而且，信西大刀闊斧的政治改革因觸碰了貴族的利益，遭到他們的強烈反對。最終以藤原信賴為中心，形成了超越原本對立關系的反信西勢力“統一戰線”。

平治元年（1159）十二月九日夜，藤原信賴與源義朝乘平清盛離開都城遠赴熊野參拜之機，在信西反對者的默許下發動軍事政變。藤原信賴首先讓源義朝率軍襲擊院御所三條殿，控制后白河上皇并將其軟禁。為了捉拿信西及其子嗣，接著火燒三條殿，并向四處逃散的人群射箭，導致死傷無數。信西由于事先察覺到危險，幸運地得以暫時逃脫。

與此同時，藤原信賴與源義朝聯絡二條天皇的支持者藤原惟方等人，擁立二條天皇，挾天子以令諸侯。信西一路逃到山城國原野之中，但仍然沒有擺脫武士的追擊，在絕望中自殺。信西死后首級被取下，于京都示眾。然而，藤原信賴和源義朝對于新政權并沒有任何理想和構想，更多的只是出于怨恨。此時叛亂的中心人物中，藤原信賴（27歲）、藤原成親（22歲）以及在戰斗中表現突出的源義朝嫡子源義平（19歲）都很年輕。因此，有學者認為，“‘平治之亂'可以稱得上是‘保元之亂'之后品嘗到了暴力滋味的青年們意氣用事的‘青年起義'”。

另一方面，平清盛在尚未參拜之際便收到政變的消息，于是火速回師京都六波羅官邸。實力相對較弱的源義朝不敢對平清盛的六波羅發動攻擊。平清盛也沒有對挾持著后白河上皇與二條天皇的源義朝貿然行動。最終，在經過一段時間的對峙后，平清盛用計麻痹囂張跋扈的藤原信賴與居功自滿的源義朝，并伺機將上皇與天皇“救出”。接著前關白藤原忠通與現關白藤原基實父子及其眾多公卿幾乎都來到六波羅官邸拜謁。藤原信賴從負責看管上皇與天皇的藤原成親處得知上皇、天皇被救走后，驚慌失措，不知如何是好。源義朝則暴跳如雷，大罵藤原信賴是天下第一無腦之人。

二十六日，二條天皇在新內里六波羅館頒發追討藤原信賴和源義朝的宣旨。沒有后顧之憂的平清盛于是馬上奉詔發兵，這樣以平清盛和源義朝為首的兩大武士集團便以京都為舞臺展開了激烈的戰斗。最終，在戰斗中敗下陣來的源義朝帶上殘存士兵逃亡東國，企圖東山再起，但在途中被殺。藤原信賴看到源義朝兵敗后，知道自己將被處罰，于是投奔后白河上皇。后白河上皇雖然也替他求情，但沒有得到赦免而被處死。一直屈從于藤原信賴的藤原成親，在與其有姻親關系的平清盛嫡長子平重盛的營救下，保住了性命。以上軍事政變，史稱“平治之亂”。

翌年正月，源義朝的首級于京都示眾。其長子“惡源太”源義平被捕后也被斬首。源義朝年僅13歲的三子源賴朝原本也因隨父參與戰亂而被判處死刑。但在平清盛的繼母藤原宗子（池禪尼）的求情之下，免于一死，被流放至伊豆國。源義朝的側室常盤原所生牛若（源義經）也一同被赦免。

“平治之亂”后，一方面后白河上皇失去了近臣集團的核心成員，另一方面期待著二條天皇實行院政的貴族們也元氣大傷，而且圍繞政局主導權問題，后白河上皇和二條天皇之間的關系日趨惡化?！捌街沃畞y”同時也使武家棟梁源氏崩潰，平清盛作為唯一的武家棟梁，巧妙地斡旋于上皇和天皇之間，逐漸掌握了朝廷大權，成了最后的贏家。由此，天皇制徹底走向了沒落，代之而起的是武士專權。

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