在現存最早的三種福建方志里，宋代淳熙《三山志》有“寺觀”類，“公廨”類里又有“祠廟”之目；宋代寶祐《仙溪志》雖非全帙（據宋人劉克莊《仙溪志序》，該書凡15卷，現存5卷），現存本有“祠廟”類；宋代開慶《臨汀志》有“祠廟”類、也有“寺觀”類。宋代以后的福建方志也大多有“祠廟”(或稱“廟祠”“廟祀”和“叢祠”等)和“寺觀”的分類。這幾乎成為宋代以來福建方志的一個學術傳統，舉最有名的方志為例，明修福建省志弘治《八閩通志》所記也分“祠廟”和“寺觀”，中國方志學術史上享有盛譽的清修康熙《寧化縣志》有“壇壝廟祠志”，也有“寺觀志”。從方志所記內容看，福建方志所記各祠廟神明“或以神仙顯，或以巫術著”，多有各自的靈驗傳說，如“禱雨輒靈”“主科名尤靈”“婦人妊娠必禱，神功尤驗”等。這是“寺觀”類并不記錄、也無從記錄的內容。在我看來，祠廟與寺觀的分類，大概相當于民間信仰活動場所與作為宗教的佛教、道教活動場所的分類。

清修臺灣方志是福建方志的一個特殊部類。清修臺灣方志（如康熙《臺灣縣志》、乾隆《臺灣府志》、乾隆《鳳山縣志》、道光《彰化縣志》、光緒《恒春縣志》等）也有“祠廟”與“寺觀”、“寺觀”附于“祠廟”的分別，但其分別是“不在祀典”與“載在祀典”的分別，是民祀與官祀而不是民間宗教與作為宗教的佛教、道教的分別。如，乾隆《臺灣府志》“寺廟”條下謂：“廟列在祀典者，俱載典禮”；又如，乾隆《鳳山縣志》之《典禮志》所記“壇廟”乃“載在祀典者”，《雜志》所附“寺觀”則“不在祀典”者也。究其原因，蓋在于清初修臺灣方志之時，佛教、道教傳入臺灣的進度弗如民間信仰，兩者尚不足分庭抗禮也。其后，“載在祀典”與“不在祀典”的分別遂成為臺灣方志相沿的一個學術傳統。然而，清修臺灣方志所記同實際有所脫節。在實際上，臺灣的民間信仰及其活動場所基本上是福建版的，臺灣地區最具代表性的文化人類學家李亦園教授關于“普化宗教”和“制度化宗教”的論述，是從臺灣田野所得的理論，也適用于福建的民間信仰及其活動場所。另外，保生大帝信仰是宋代乾道二年（1166年）“載在祀典”的，清乾隆《臺灣府志》卻將它列為“不在祀典”的“寺廟”類。

附帶報告兩個情況。其一，清修首部《臺灣府志》成于首任臺灣知府蔣毓英和諸羅縣令季麒光、鳳山縣令楊芳聲之手。該書已記有清初臺灣天主教和基督教的活動情形，“無論男女老幼，常相率入禮拜堂誦經聽講”，閩、臺兩地民間信仰同外來宗教的關系也是應該研究的問題，容我另外報告；其二，吾閩先賢林琴南《畏廬瑣記》有福州法海寺僧人到臺活動的記錄：“余16歲赴臺灣，趁一輪舶，名華福寶。法海寺某僧渡海募緣，亦趁舟行。舟中先有一官眷，四周圍以夾幔。僧嗜阿芙蓉（汪按，鴉片也），即燃燈臥于幔外。舟入大海，風濤猝發。舟側，僧首并枕，悉入幔中。婢媼大呼，和尚入幔矣！爭起擊其顱，僧百口不能辯。而舟亦簸蕩，僧時入時出，而呼打之聲竟夕。然嘔吐淋漓，卒亦不能打也。余笑至腹痛，且嘔且笑，舟至滬尾，懨懨如病矣?！逼鋾r為1867年，已是清代同治六年也。