從廈大畢業后，據朱兆祥自述，“民國廿八年至三十年間（汪按，即1939至1941年間），我在國立西南聯合大學研究語言時，曾寫《漳泉廈語比較研究》一種”。1946年4月2日，臺灣省行政長官公署教育處公布以魏建功為主任委員的臺灣省國語推行委員會名單，朱兆祥列名為該會委員。

臺灣省國語推行委員會乃由魏建功等“語文學術專家”組成，該會成立則光復初期臺灣的國語運動乃由官方籌劃、民眾自發的階段，轉為學者主導的階段矣。魏建功根據國語運動的歷史經驗，和“臺灣現行語言的情形”，制定了包括“實行臺語復原，從方言比較學習國語”之要點的“臺灣省國語運動綱領”，其要義是用“自家學話的方法”，不用“日本人學中國話的方法”。臺灣省國語推行委員會“為實驗從方言學習國語，于（民國）三十五年十月一日，成立示范國語推行所，派推行員３人，王委員潔宇任所長，朱委員兆祥任指導員。社址設于北投，（民國）三十六年六月三日遷址于淡水，（民國）三十六年八月，此項工作告一段落，推行所結束”。臺灣省1947年度《政府工作報告》亦記：“（民國) 三十五年十月，調本會試用視導三人在北投設立示范國語推行所一所，實驗‘用比較類推法，從方言學習國語’”。朱兆祥本人也說：“由方言到國語，由方符到國文，這即是國定的左方右國——或左義右音的政策。臺灣省的國語運動正是朝著這個路向走的”。

據我聞見所及，廈門大學校友朱兆祥在臺灣的活動消息還有：1946年，臺灣省國語推行委員會頒布實施朱兆祥制定的《臺灣方音符號方案》；1947年，朱兆祥在《國語通訊》第3期發表《臺灣同胞國音誤讀析》；1948年6月2日，朱兆祥參加廈門大學臺灣校友會全體校友會；1948年，朱兆祥在《臺灣文化》第3卷第7期發表《廈語方言羅馬字草案》。